福安专署成立时，只设财、粮、建和教4个科(局)，建设科内设立水利股，编制4人，担负全区水利建设和管理任务。1953年11月，福建省水利厅派出水利工作队，协助区内水利规划、勘测、设计和施工工作。1956年5月，福安专署水利电力局成立，将水利股和水利工作队合归水利电力局。1966年“文化大革命”开始后，机构逐步瘫痪。1967年4月成立福安专区革委会生产指挥部农业纽，配备水电管理干部，代行福安专署水电局职能。1970年9月福安专区革委会迁驻宁德县后，改称宁德地区革委会生产指挥部农业组，仍配备水电干部管理水电建、管工作。1971年3月，宁德地区革委会生产指挥部农业局组建，内设水电组，承担水利电力的建、管任务。同年10月，宁德地区革委会水利电力局重新建立，担负全区水利水电的建设和管理，各县相继组建水利电力局。1979年5月，宁德地区行政公署成立，宁德地区革委会水利电力局改称为宁德地区水利电力局，局内设置人秘科、计财科、水政水资源管理站、水利技术队、电力技术队、水利工程管理站和水电勘测设计室；还设有地区防汛抗旱指挥部办公室。在改革开放形势下，地区水电局开设水电建设公司经济实体机构，人秘科承包水电培训中心，实行经济核算，设计室实行承包制。

2002年9月，宁德地区水利电力局更名为宁德市水利局，隶属市直正处级建制，局内设办公室、水政水资源科（资源管理站、水政监察支队）、水利建设与管理科（水利技术队）、堤防管理中心、水电科（电力技术队）、水利水电经济发展中心、防汛机动抢险队、水保办（水保监督站）、水利水电规划研究室、水利水保工程质监站和东闽水利水电勘察设计有限公司。还有局挂靠单位：水保监测站、宁德市人民政府防汛抗旱指挥部办公室、宁德市水土保持委员会办公室和宁德市监察局驻市水利局监察室。

宁德市水利系统的技术业务实行省、地、县三级管理体制，直属福建省水利厅，对各类水工程实行分级管理、拨补经费，开展防汛岁修、抗旱、冬春修水利。